胎儿在子宫内有吞服羊水的生理现象，但抗胃食管反流结构没有发育成熟，婴儿在剖宫产中没有受到产道的挤压把上消化道的羊水挤干净， 在取出母体后的3-5分钟时，约有0.7%的婴儿会误吸羊水到肺部，引起严重的肺炎甚至窒息。尽管用“手托法”等措施可以防止这个并发症，但风险难以100%避免。

 

 

    在新生儿的神经-行为评分中，剖宫产儿在第7天和第14天得分均低于阴道分娩儿。在远期，国外研究证实剖宫产儿的情商(EQ)会比较低，其可能的原因是剖宫产儿没有经过产道对大脑颞叶的挤压刺激，而颞叶是与情绪相关的神经中枢。剖宫儿与人交流的能力相对较弱，在幼年容易出现孤独症，现在大学生中很多情感、自杀的问题也许跟剖宫产有关。此外，剖宫产中的手术器械和操作还容易造成婴儿皮肤划伤和骨折;根据人工推算的手术日期还可能与实际孕龄不符，造成人为的早产。